เกาะมิชิมะเป็นเกาะเดี่ยวๆในทะเลญี่ปุ่น ห่างออกไปประมาณ 45 กิโลเมตรจากทิศเหนือของเมืองฮากิ มีพื้นที่ประมาณ 7.8 ตารางกิโลเมตร

มีกลุ่มสุสานโบราณจีคอนโบะและซากหินยอดกำแพง ฯลฯ หลงเหลือให้เห็นอยู่ทั่วไปบนเกาะ
แหล่งเลี้ยงวัวมิชิมะและถิ่นที่อยู่อาศัยของเต่าบนเกาะนี้ ได้รับการระบุให้เป็นสิ่งที่มีอยู่ในธรรมชาติที่ได้รับการสงวนตามกฎหมาย
เกาะแห่งนี้เป็นเกาะภูเขาไฟที่ราบสูงลาวา มีภูเขาอุคุระเกะที่สูงจากระดับน้ำทะเล 180 เมตร บริเวณโดยรอบเป็นหน้าผาที่เกิดจากการกัดเซาะของน้ำทะเล
ทุ่งนาภายในเกาะเป็นที่ราบต่ำตะกอนลุ่มน้ำซึ่งเกิดจากยกตัวของทะเลสาปที่ถูกกั้นโดยแนวสันทราย